Организацията е създадена през есента на 1919 г. от Т. Александров, П. Чаулев и ген. Ал. Протогеров. Ръководителите й са привърженици на идеята за присъединяване на Вардарска и Беломорска Македония към България, но поради нейното поражение в Първата световна война 1914 г.-1918 г. приемат идеята на ВМОРО за автономия на Македония. В организацията първоначално участват и привърженици на Я. Сандански (Серската група), но след това напускат нейните редове. ВМРО изпраща изложение по македонския въпрос до Парижката мирна конференция 1919 г.-1920 г. с настояване да бъдат приети и изслушани нейни представители. На дипломатическото представителство на Сърбо-хърватско-словенското кралство в София се внушава, че трябва да подобри положението на българите в Македония. По примера на ВМОРО се възстановява четническият институт. Изградена е няколко хилядна четническа организация в Пиринския край, отчасти в Кюстендилско и Софийско. През февруари 1920 г. са изпратени в Македония няколко малки чети. Към края на същата година се появяват признаци за разцепление на македонското движение. Създадена е Македонска федеративна организация от арх. Н. Юруков, д-р Хр. Татарчев и д-р Ф. Атанасов. Тя обявява, че ще води борба за независима федеративна Македония, в управлението на която ще вземат участие всички населяващи я народности. Ръководството на организацията установява тесни връзки с БЗНС и правителството на Ал. Стамболийски. С помощта на българските власти се опитват да изтласкат ВМРО от Пиринско и Вардарска Македония. ВМРО предприема ответни удари. Убит е един от идеолозите на ВМОРО Г. Петров и министърът на вътрешните работи Ал. Димитров. Ръководството на ВМРО установява тесни връзки с Военния съюз и буржоазните опозиционни партии. Организацията не взема пряко участие в държавния преврат на 9 юни 1923 г., но отделни нейни четници участват в залавянето и убийството на министър-председател Ал. Стамболийски. ВМРО подкрепя сговористкото правителство при потушаването на Септемврийското въстание 1923 г. Поради запазване на Нишката спогодба със Сърбо-хърватско-словенското кралство и подписването на нови споразумения отношенията между ВМРО и сговористкото правителство в края на 1923 г. се изострят. Правителството на проф. Ал. Цанков извършва през март 1924 г. арести на много македонски дейци. В края на април 1924 г. ЦК на ВМРО подписва декларация, в която заявява, че ще се бори за създаване на единна, самостоятелна, независима Македония. Организацията започва преговори с Коминтерна и Съветския съюз, а на 6 май 1924 г. подписва във Виена с представители на Балканската комунистическа федерация манифест. Независимо, че след публикуване на Майския манифест Т. Александров и ген. Ал. Протогеров се отказват от подписите си, ръководството на ВМРО губи доверието на българското правителство. В организацията настъпва разрив. За това допринася и убийството през август 1924 г. на Т. Александров. Неговото място в ЦК заема Ив. Михайлов. Извършена е жестока разправа с противниците на Т. Александров в Горна Джумая (дн. Благоевград), Разложко, Неврокопско (днес Гоцеделчевско), Петричко, София, Пловдив и Свиленград. Във ВМРО се обособяват две групи: на ген. Ал. Протогеров, подкрепен активно от Ал. Цанков, и на ген. Ив. Михайлов – от А. Ляпчев и ген. Ив. Вълков. През 1925 г. привържениците на Майския манифест създават Вътрешна македонска революционна организация (обединена) (ВМРО (об.)). Засиленото съперничество между двете групи нараства. По нареждане на Ив. Михайлов през 1928 г. е убит ген. Ал. Протогеров. След неговата смърт ВМРО фактически се разцепва на две отделни организации. Започва взаимно изтребление между двете организации, което продължава няколко години и отслабва тяхната роля като националнореволюционни организации. След държавния преврат на 19 май 1934 г. са забранени, както всички други политически, професионални и националнореволюционни организации в страната.