文部科学省の合田哲雄高等教育局長は10月20日、総長選考に関連して東大に依頼書を送付した。総長選考の過程や理由への説明を求める学内外の意見を踏まえ、総長選考・監察会議（選考会議）には学内へ説明を果たす責任があると指摘。東大に対し、運営方針会議と監事による総長選考の検証を依頼した。総長選考の検証を依頼した。東京大学新聞社の取材に対し、東大は「速やかに検証に向けて整理を行った上、学内外へしっかりと説明責任を果たしていきたい」とコメントした。
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依頼書では、総長選考は「客観的事実に基づいて、慎重かつ必要な審議を尽くし、公正・公平に行われる必要」があるとし、非公開の情報や匿名の情報、候補者に関係する個別の事案など、事実確認の不十分な情報を選考の過程で考慮することは不適切だと確認。「自らの社会的責任をしっかり踏まえ、学内外の指摘に応えて今回の学長選考について説明責任を果たすことが東京大学のガバナンス改革を進めていく上で重要」だと指摘した。
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東大の藤井輝夫総長宛ての文書では「（運営方針会議は）学長の選考に関する事項について、学長選考・監察会議に意見を述べることができる」と国立大学法人法の規定を確認。運営方針会議で総長選考の経緯を検証するよう求めた。
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運営方針会議は2024年10月施行の国立大学法人法の改正に基づき、規模が特に大きい国立大学法人に設置が義務づけられた。中期目標・中期計画および予算・決算に関する事項（運営方針事項）を決議し、監督する役割を担う。今回の総長選考にあたっても、選考会議と複数回意見交換を行ってきた。
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亀井純子・山口大介両監事宛ての文書では「（監事は）著しく不当な事実があると認めるときは、遅滞なく、学長及び文部科学大臣に報告しなければならない責務を有して」いるとする国立大学法人法の規定を確認。今回の総長選考について検証し、顕著な不当性が確認された際には文部科学大臣に報告するよう求めた。
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国立大学法人の長（東大では総長）は、国立大学法人の申請に基づいて文部科学大臣が任命する。関文科相は10月6日の会見で、「法人からの申し出に明白な形式的な違法性がある場合や、また明らかに不適切と客観的に認められる場合」を除いて、文部科学大臣は任命を拒否できないと述べた。
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文科省が藤井輝夫総長に提出した文書
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8文科高第1135号 令和8年10月20日
国立大学法人東京大学 学長 藤井輝夫殿
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文部科学省高等教育局長 合田哲雄
学長選考経緯の検証について（依頼）
国立大学法人の学長の選考は、国立大学法人法（平成15年法律第112号。以下「法」という。）第12 条第6項の規定に基づき、同項に定める学長の要件を満たす者の中から、各法人が定める学長に求める資質を踏まえ、客観的事実に基づいて、慎重かつ必要な審議を尽くし、公正・公平に行われる必要があります。そのため、候補者本人に示されていない非公開の情報、匿名の情報、候補者に関係する個別の事案など、必ずしも事実確認がなされていない情報について、候補者本人に確認を行ったり、法的・専門的な判断を示したりすることなく、選考の過程において考慮することは、貴学の「令和2年度総長選考会議における総長の選考過程の検証報告書」でも指摘されている通り、不適切であることは論を俟ちません。
令和8年9月28日に開催された東京大学の学長選考・監察会議における学長選考につきましては、学内外からその過程や選考理由に関する説明を求める要望や指摘がなされており、学長選考・監察会議においては、今回なぜそのような判断をしたのか、学内にしっかりと説明をする必要があるものと考えられます。
東京大学においては、自らの社会的責任をしっかり踏まえ、学内外の指摘に応えて今回の学長選考について説明責任を果たすことが東京大学のガバナンス改革を進めていく上で重要です。
国立大学法人に設置される運営方針会議は、法第21条の8第2項の規定に基づき、学長選考・監察会議が定める基準その他の学長の選考に関する事項について、学長選考・監察会議に意見を述べることができるとされています。
ついては、法の規定を踏まえ、東京大学の運営方針会議において、今回の学長選考・監察会議における学長選考の経緯について検証が行われるようお取り計らい願います。
【担当】
文部科学省高等教育局国立大学法人支援課
文科省が東大の2人の監事に提出した文書
8文科高第1135号 令和8年10月20日
国立大学法人東京大学 監事 亀井純子殿 山口大介殿
文部科学省高等教育局長 合田哲雄
学長選考経緯の検証について（依頼）
国立大学法人の学長の選考は、国立大学法人法（平成15年法律第112号。以下「法」という。）第12条第6項の規定に基づき、同項に定める学長の要件を満たす者の中から、各法人が定める学長に求める資質を踏まえ、客観的事実に基づいて、慎重かつ必要な審議を尽くし、公正・公平に行われる必要があります。そのため、候補者本人に示されていない非公開の情報、匿名の情報、候補者に関係する個別の事案など、必ずしも事実確認がなされていない情報について、候補者本人に確認を行ったり、法的・専門的な判断を示したりすることなく、選考の過程において考慮することは、貴学の「令和2年度総長選考会議における総長の選考過程の検証報告書」でも指摘されている通り、不適切であることは論を俟ちません。
令和8年9月28日に開催された東京大学の学長選考・監察会議における学長選考につきましては、学内外からその過程や選考理由に関する説明を求める要望や指摘がなされており、学長選考・監察会議においては、今回なぜそのような判断をしたのか、学内にしっかりと説明をする必要があるものと考えられます。
東京大学においては、自らの社会的責任をしっかり踏まえ、学内外の指摘に応えて今回の学長選考について説明責任を果たすことが東京大学のガバナンス改革を進めていく上で重要です。
国立大学法人の監事は、法第11条第6項の規定に基づき、国立大学法人の業務を監査する責務を負い、法第11条の2の規定に基づき、著しく不当な事実があると認めるときは、遅滞なく、学長及び文部科学大臣に報告しなければならない責務を有しております。
ついては、貴殿におかれては、今回の学長選考・監察会議における学長選考の経緯について検証し、著しく不当な事実があると認められるときは、遅滞なく、文部科学大臣に報告されるようお取り計らい願います。
【担当】
文部科学省高等教育局国立大学法人支援課
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【総長選考2026】文科省が総長選考の検証を要求 東大「説明責任を果たしたい」 2026
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